Henk Jongerius werd geboren op 7 december 1941 in Utrecht. Zijn ouders waren Hendrikus Willebrordus Jongerius en Sophia Elisabeth van Don. Ze kregen vier zoons: Piet, Jan, Henk en Thoon. Henk kreeg de doopnamen van zijn vader mee, die kleermaker was. Hij speelde al jong met de gedachte om priester te worden, maar dan wel in een gemeenschap.